سال‌هاست از «آنچه یک اتاق‌فکر ایرانی هست، ولی باید باشد» نوشته‌ایم و گفته‌ایم، هنوز اما شاهد ناکارآمدی‌ مؤسسات پژوهشی و اندیشکده‌ها در کشور هستیم. ناکارآمدی‌هایی که نمی‌توان آن‌ها را به حساب اشتباهات لحظه‌ایِ گذرا و مقطعی گذاشت، بلکه با تأکیدشان بر بی‌فایده بودن، بی‌تأثیری و بلااستفاده بودن محصولات اتاق‌فکر، گواهی هستند بر شکنندگی شالوده و ناراستی ارکان اتاق‌های فکر. امروز اگر در سپهر سیاسی کشور طالب شفافیت و پاسخگویی هستیم، نه‌فقط باید از سیاست‌گذاران حساب بکشیم، بلکه باید بخش مهمی از شکست‌های راهبردی در عرصه سیاست‌گذاری ملی و بین‌المللی را ناشی‌از کوتاهی‌های اتاق‌های فکر بدانیم. 
خطا در پیش‌بینی انتخابات ملی و بین‌المللی؛ ناتوانی در اثرگذاری بر میزان مشارکت مردمی؛ درماندگی در ارائه راه‌حل‌های برون‌رفت؛ ضعف در شناخت سناریوهای بین‌المللی آتی؛ سستی در بررسی‌های دقیق پژوهشی طولی؛ اهمال در پازل‌چینی فکت‌های روز؛ نبود استراتژی و نگاه کلی‌نگر؛ نبود راه‌کار‌های تکنیکی جزئی‌نگر و بسیاری دیگر، از ضعف‌هایی هستند که زمینه‌ای را فراهم می‌آورند تا طبیعی تلقی شود اگر در جلسه‌های چندساعته برای ارائه یک راهکار عملی، حتی دو دقیقه هم حرف مفیدی ارائه نشود یا سازه‌های عظیم اجتماعی و رفاهی فقط به تقلید خارجی، بدون هیچ پشتوانه فکری، فرهنگی و تاریخی در کشور ایجاد شوند و بعدها، ملت با پیامد‌های بحرانی آن دست‌و‌پنجه نرم کند؛ این همه، از «پدیده اتاق‌های خالی» از فکر خبر می‌دهند. 
اتاق‌های خالی، خود نمی‌دانند با کدام پشتوانه نظری اتاق‌فکر نامیده شده‌اند؛ اتاق‌هایی که ایده ندارند یا ایده‌های نو و تحولی را نمی‌پذیرند؛ اتاق‌هایی که مشتری ندارند یا مشتری‌هایی دارند که با حس نخبگی درونی‌شان به ایده‌های دیگری بی‌توجهند؛ اتاق‌هایی که تا ارائه ایده و یافتن مشتری خوب پیش می‌روند، ولی نمی‌توانند آن ایده را برای مشتری پیاده‌سازی کنند؛ اتاق‌هایی که مدیران ارشد برای سیاست‌گذاری و تصمیم‌گیری، خود را نیازمند ایده‌های آن‌ها و روش‌های آن‌ها برای پیاده‌سازی ایده‌ها نمی‌بینند. تمامی این اتاق‌ها، بزرگترین دردشان، نبود پژوهشگران مستقل است. وجود مغزها یا نخبگانی که بتوانند به این اتاق‌های خالی، روح بدمند. 
اعتبار یک اتاق‌فکر، مؤسسه پژوهشی یا اندیشکده، به این «تصویر» است که مستقل از چپ و راستِ قدرت عابد اکبری برای نفت آرا نوشت:می‌اندیشد و راهکار می‌جوید، اما سال‌هاست در کشور با حذف پژوهشگران مستقل، ذره جوهری اصالت و هویت اتاق‌فکر از آن گرفته شده است. اتاق‌فکر فقط یک سازمان توخالیِ وابسته، پیاده‌روی آمدو‌شد رهگذرانِ نهادهای مختلف نیست، نقش و هدف اتاق‌های فکر، ترکیب دانش و سیاست‌گذاری به‌شیوه‌ای مستقل برای تأثیرگذاری بر خط‌مشی و فرآیندهای آتی سیاسی، فرهنگی، اجتماعی و علمی است. آن‌ها از هر کدام از چهار نوع اندیشکده‌های موجود در جهان: «ایدئولوژیک، تخصصی، ویژه و کاربردی» که باشند، همه در این شیوه مشابهند که با گردهم آوردن متخصصان مستقل در زمینه‌های مرتبط، به یافته‌های خود مشروعیت می‌بخشند و ایده‌هایشان را از طریق نشریات، کنفرانس‌ها و سمینارها به‌اشتراک می‌گذارند. بنابراین، بی‌توجه به موج‌سواری‌ و منفعت‌طلبی، پرده از حقایق برمی‌‌دارند و در پست‌و‌بلند حیات اجتماعی، با نظرات قاطعشان در نقش عمود آهنین، ستون اصلی یا بادبانی برای به ساحل نجات رساندنِ کشتی ملت ظاهر می‌شوند. 
اتاق‌های فکر در کشور ما «آن‌چه باید باشند» نیستند. به‌طور معمول نمی‌توان آن‌ها را بازیگران اثرگذار دانست، حتی نمی‌توان آن‌ها را سازمان‌هایی دانست که برای حل یک مشکل یا مطالعه روی یک موضوع تشکیل شده‌اند. هرگز نمی‌توان انتظار داشت بتوانند سیاست‌گذاران، مهندسان و دانشمندان را به ارائه پیشرفت‌ها یا استراتژی‌های سیاسی، اقتصادی، نظامی و علمیِ خلاقانه تشویق کنند؛ برای مثال، گروهی یکپارچه در حوزه امنیت اطلاعات با حضور دانشمندانی مرکب از رشته‌های مختلف تشکیل دهند، بیندیشند، سخنگو داشته باشند، حضوری رسانه‌ای‌ به‌نمایش بگذارند، به‌معنای واقعی کلمه در سرنوشت ملت، به‌اندازه سایه‌ای یا نشانه‌ای، اثرگذار باشند. مهم‌ترین مشکل در اینجا پارادوکس استقلال است. 
طبق پارادوکس استقلال، هرچند اعتبار و کسب اقتدار عمل اندیشکده‌ها براساس تصویر آنها به‌عنوان کارشناسان مستقل و جدای از قدرت است، اما اتاق‌های فکر جهت اعمال نفوذ و کسب بودجه، باید راهی برای نزدیکی به قدرت بیابند. این رابطه با قدرت، پارادوکس استقلال نامیده می‌شود که فقط مشکل اتاق‌های فکر کشور ما نیست، اما اتاق‌های فکر در کشورهای پیشرفته، این پارادوکس استقلال را مدیریت می‌کنند؛ مدیریتی که براساس حفظ فاصله با قدرت است. در کشور ما، این مدیریت مساوی با یکی شدن با قدرت و با تأمین‌کننده مالی، به‌بهای حذف پژوهشگر مستقل، حتی حذف پژوهشگرانی است که ناقل ایده‌های مستقل دیگران باشند. درنتیجه، مدیریت پارادوکس استقلال در کشور ما به‌قیمت تشکیل اتاق‌های خالی است.
در پدیده اتاق‌های خالی یا حذف پژوهشگران مستقل، فشارهایی درونی و بیرونی بر اندیشکده‌ها و مؤسسات پژوهشی وارد می‌شود. از درون، اتاق‌های خالی مایلند نیروهایی را جذب کنند که حتی به بهای اشغال فکر، اشتغالی و بودجه‌ای برایشان فراهم آورند؛ بگذریم از اتاق‌های فکر موسمی که در هر فصلِ مهم از حیات ملت ظاهر می‌شوند و پس از بودجه‌خواری کلان، به نسیمی از بین می‌روند. این اتاق‌ها مسلماً راه‌حل پارادوکس استقلال را حذف می‌بینند و کارشناسانشان اکویی از صدای قدرت و شمایی از اِشل قدرت هستند. فشار از بیرون، ازطرف سایر بازیگران عرصه‌های سیاسی، اقتصادی و نظامی تحمیل می‌شود که مایلند اتاق‌های خالی را اِشغال کنند، به آن‌ها شکل دهند و به قالب دلخواهشان درآورند. هدف این دسته از بازیگران، جلب حمایت و ساختن پشتوانه‌ای برای توجیه تصمیم‌گیری‌ها و سیاست‌گذاری‌هایشان است. 
امروز مؤسسات پژوهشی و اندیشکده‌ها باید به بازیگرانی معتبر و قانونی دارای اختیار عمل، به‌عنوان مشاورِ تأثیرگذار بر تصمیم‌گیری‌های سیاسی (مستقیم یا غیرمستقیم) تبدیل شوند. اولین قدم در این راه، پرورش نسلی استراتژیست، سناریونویس و آینده‌نگر است که به اتاق‌های فکر روح بدمد و کمک کند تا این بازیگر مهم عرصه سیاست‌گذاری، انتخاب‌های استراتژیک داشته باشد و فرآیندهای حفظ فاصله از قدرت و نزدیکی به آن را مدیریت کند.